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Comme matières premières, on utilise surtout la gentiane jaune (Gentiana lutea) dont la racine longue d’un mètre et épaisse de plusieurs centimètres est déterrée dans les Alpes.
 Par contre, les racines de la gentiane bleue ne sont pas utilisées selon un avis général.
 Les racines de gentiane contiennent à l’état frais 5-13% de sucres, séchées jusqu’à 30%. 
Leur teneur est typique en huiles essentielles, résines, alcaloïdes, principes amers et pectine qui donnent au distillat qui en est issu ses notes caractéristiques résultant partiellement de réactions au cours de la fermentation.
Les racines de gentiane nécessitent un assez long temps de fermentation, car le principal sucre contenu, le trisaccharide gentianose, n’est pas directement fermentescible et doit d’abord être scindé en glucose et fructose par des enzymes de ses propres levures.

Les tubercules de topinambour qui ressemblent au tournesol sont aussi utilisables pour l’élaboration d’eau-de-vie. Elles contiennent jusqu’à 18% d’un polysaccharide, l’inuline, qui est scindée en fructose par une enzyme contenue dans le tubercule. Les feuilles et les tiges partent comme fourrage.
L’eau-de-vie de topinambour a une odeur typique ainsi qu’un goût terreux qui rappelle l’eau-de-vie de gentiane.

Les marcs de raisin

Les marcs sont les résidus du pressurage des fruits. Leur teneur en sucres, abstraction faite de la qualité de la matière d’origine, dépend largement du moment ainsi que des conditions de pressurage. 
Les raisins blancs sont pressés doux, la teneur en sucre du marc est donc plus élevée que celle des raisins rouges que l’on presse seulement lors de la fin de la fermentation pour des raisons de prise de couleur.
 Dans ces cas, la part de sucres peut être si faible qu’il ne vaut pas la peine d’utiliser ces marcs comme matière première pour la distillation.
 Une exception est naturellement constituée par les marcs de raisin rouge récupérés après le réchauffage du moût.
 La manière de pressurage a aussi une grande influence sur la teneur en sucres : forte compression, pressurage et desserrage successifs, pressurage à chaud, etc… sont des facteurs qui concourent à l’amélioration du rendement en jus mais toutefois au détriment de la teneur en sucres des marcs.
Les marcs se détériorent facilement, il faut donc les travailler rapidement. Un trop fort contact avec l’air peut-être évité par un bon damage.
 On renoncera à travailler des marcs contaminés (par ex. par une piqûre butyrique ou une teneur trop haute en aldéhydes) car la remise en état des mauvais distillats qui en résulte est liée à des dépenses importantes ou est même impossible. 
Il n’est pas rare de trouver dans les marcs des restes de produits de sulfatage, en particulier soufre et préparations de soufre organique. Au cours de la fermentation, ce soufre est transformé en hydrogène sulfuré qui engendre un goût de bock (odeur d’œuf pourri). En présence de résidus de produits de pulvérisation à base de cuivre, l’hydrogène sulfuré peut être éliminé par fixation, à cause de la teneur plus élevée en cuivre, ce qui peut se révéler positif lors du travail avec une distillerie en acier inoxydable.
 Les marcs donnent, en général, des distillats avec des teneurs plus élevées en aldéhyde et méthanol.

Pour obtenir des eaux-de-vie, on peut utiliser toutes les matières sucrées et fermentescibles, en particulier les fruits indigènes. Les matières farineuses telles que les céréales et les pommes de terre peuvent également fermenter après une saccharification préalable. Le choix des matières premières est cependant restreint par la législation.
De même, les procédés d’élaboration (par exemple utilisation de produits améliorant la fermentation et appareils de distillation) sont également soumis à des prescriptions légales. (un prochain sujet duquel il ne pourra être traité que brièvement).
Les matières premières suivantes seront retenues dans nos considérations :
fruits à pépins : pommes, poires
fruits à noyaux : cerises, pruneaux, prunes, abricots
baies : framboises, cassis, mûres, genièvre, etc…
marcs : de raisin, de fruits à pépins
vins et cidres
lies et bourbes
racines et tubercules

Pour obtenir des eaux-de-vie de qualité, la matière première utilisée doit satisfaire à des normes spécifiques de qualité qui laissent de côté les critères de choix propres aux fruits de table tels que couleur, forme, grosseur et aspect superficiel. Ce sont, au contraire, les valeurs internes des fruits qui sont déterminantes pour obtenir un résultat satisfaisant tant du point de vue qualitatif que de celui de la rentabilité :
forte teneur en sucres .
typicité d’arômes prononcée
propreté et aspect salubre des matières premières (pas de fruits moisis eu pourris)
Une teneur optimale en sucres et en arôme ne peut être obtenue que par une bonne maturation des fruits. Avec un sucrage (interdit !), on pourrait corriger la pauvreté en sucres de fruits insuffisamment mûrs ; toutefois, la qualité de l’eau-de-vie obtenue serait insuffisante par manque d’arôme.
De plus, la très forte teneur en tanins de fruits verts peut provoquer des interruptions ou des défauts de fermentation.
Des fruits trop mûrs apportent, d’autre part, la formation de pourriture et de moisissure qui donnent aussi comme résultat de mauvaises eaux-de-vie. Il devrait enfin aller de soi que les fruits utilisés doivent être exempts de toute mauvaise odeur ou faux goût (par ex. huile brute, produit de traitement).
En résumé, il faut retenir que l’état des matières premières est de la plus haute importance pour l’élaboration d’eaux-de-vie de bonne qualité.

D’une marchandise médiocre, on ne peut obtenir un distillat satisfaisant même avec une préparation soigneuse.